豆制品雖然營養豐富，但也并非人人皆宜。患有以下疾病者應當忌食或者少吃豆制品。

消化性潰瘍 嚴重消化性潰瘍病人不要食用豆制品，因為豆制品中嘌呤含量高，有促進胃液分泌的作用；整粒豆中的膳食纖維還會對胃黏膜造成機械性損傷。豆類所含的低聚糖如水蘇糖和棉子糖，被腸道細菌發酵，能分解產生一些氣體，進而引起嗝氣、腸鳴、腹脹、腹痛等癥狀。

胃炎 急性胃炎和慢性淺表性胃炎病人也不要食用豆制品，以免刺激胃酸分泌和引起胃腸脹氣。

腎臟疾病 腎炎、腎衰竭和腎臟透析病人應采用低蛋白飲食，為了保證身體的基本需要，應在限量范圍內選用適量含必需氨基酸豐富而含非必需氨基酸較低的食品。與動物性蛋白質相比，豆類含非必需氨基酸較高，故應禁食。

糖尿病 腎病引起糖尿病患者死亡的主要并發癥是糖尿病腎病，當病人有尿素氮潴留時，不宜食用豆制品。

痛風 痛風的發病機理是嘌呤的代謝紊亂，以高尿酸血癥為重要特征。高蛋白、高脂肪膳食容易引起痛風。因此在急性期要禁食含嘌呤多的食物，其中包括干豆類及豆制品，即使在緩解期也要有限制地食用。