和果糖，可以吸收空氣中的水分，結果變的稀薄，容易發酵變質。因此，蜂蜜要放在干燥處，并加蓋保存。另外，蜂蜜中含有多種酶和維生素，酶和維生素見光會分解，因此最好避光保存。如果放在冰箱中的那就更為保險了。
但如果放在冰箱中保藏，因為溫度過低，常常發現底部會有黃白色的結晶沉淀。這是葡萄糖的結晶，并不影響日常飲用，但如果用于中藥可能會降低效果。所以如果您是飲用那就無所謂，如果是用藥就千萬不要放在冰箱里了。