食品企業注冊需要先申請辦理食品生產許可證，辦證前要在所在地工商部門備案，食品生產許可證辦好后才能在工商部門正式注冊，然后還需要辦理稅務登記證，最后，那肉生產許可范圍的食品企業還需要辦理QS認證，取得質檢總局統一審批的食品生產許可證。
企業如何申請食品生產許可證
《食品生產加工企業質量安全監督管理辦法》規定，凡在中華人民共和國境內從事以銷售為最終目的的食品生產加工活動的企業（含個體經營者），都必須獲得食品生產許可證。企業提出申請時，應當向省級或者市（地）級質量技術監督部門提交填寫好的《食品生產許可證申請書》，同時還要提交工商營業執照復印件、食品衛生許可證復印件、企業代碼證復印件等其他書面材料。
質量技術監督部門在接到企業提交的申請材料后，應當在15個工作日內審查企業提交的材料是否齊全。書面材料審查合格的，由受理申請的質量技術監督部門發給《食品生產許可證受理通知書》。
省級或者市（地）級質量技術監督部門在《食品生產許可證受理通知書》發出后，應當在65個工作日內組織專家審查組和產品檢驗機構完成對企業的現場審查和產品發證檢驗工作。經審查，如果企業不具備必要的生產條件，或者具備必要的生產條件但是產品抽樣檢驗不合格的，質量技術監督部門應當向企業發出《食品生產許可證審查不合格通知書》，企業接到《不合格通知書》后，應當進行認真整改，2個月后可以再次提出取證申請。
經審查合格并且產品抽樣檢驗符合發證條件的企業，即可發給食品生產許可證。