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腐爛病的防治目前為止確實是很頭痛的問題。主要要從源頭控制病菌，防治發生病害。首先要加強綜合管理，增強樹勢。合理負載，調節結果量，避免大小年現象。合理施肥，增施鉀肥和磷肥，可明顯提高樹體對腐爛病的抵抗能力。要合理修剪，避免造成過多過大的傷。腐爛病菌是從傷口侵入的，尤其是帶有死組織的衰弱傷口最易感染腐爛病。因此，對剪口、鋸口、日燒傷口一定要及時涂藥或包泥。而且要及時清理此處的病菌，認真搞好果園衛生。及時去除病死枝、刨除病死樹、治療腐爛病斑，不在園內堆積樹枝，刮除粗翹皮等，減少果園內病菌數量。第二要進行藥劑的防治。適時使用有效藥劑，殺滅枝干表面病菌和潛伏侵染病菌，降低果園菌量，控制病害發生是藥劑防治的根本目的。用45%施納寧50-100倍刮后涂抹。
蘋果樹腐爛病與輪紋爛果病是蘋果樹健康生長的大敵。因此，加強對其的預防和除治是提高掛果期蘋果樹單位面積產量、增加果園經濟效益的重要途徑。
蘋果樹腐爛病蘋果樹腐爛病俗稱“爛皮病”，是蘋果樹最重要的枝干病害，也是造成蘋果樹樹勢衰弱、死枝死樹甚至毀園的最直接原因。蘋果樹腐爛病是由腐爛病菌侵染所致的病害，腐爛病菌是一種弱寄生菌，具有潛伏侵染的特性。防治上采取以下措施可顯著減少該病的為害。
一是增強樹勢，科學預防凍害，減少樹體傷口，減少營養消耗提高樹體抗病能力是根治蘋果樹腐爛病的首要措施也是基本措施。
二是加強肥水管理，適度疏花、疏果，合理負載產量，嚴禁過度環剝，剪口、鋸口最好用“綠云”愈合劑涂抹，加快傷口愈合，避免發病，扶強健壯樹勢是防治蘋果樹腐爛病的有效措施。
三是刮除病斑，于2月下旬-5月下旬、8月下旬-9月上旬及時將腐爛病斑刮成梭形，徹底刮除病斑壞死組織，周圍刮去健皮0.5～1cm深達木質部，刮成立茬、平整(促進愈合)，刮后用“果康寶”5倍液或“腐迪”原液等涂抹病疤，鏟除菌源是防止侵染、預防復發、減輕發病的重要措施。同時，刮刀也要常用藥液消毒，以免帶毒傳病。
四是早春結合修剪、鋸除重大病枝、剪除細弱病殘枝、刮除腐爛病斑、于發芽前全樹噴果康寶200～300倍液或園易清300倍液、膜力丹1000倍液；在腐爛病嚴重的果園，用果康寶20倍或園易清30倍涂干(從地面到1.5m處的主干)或者全面細致噴灑7.5%強力輪紋凈50-100倍液鏟除園內腐爛病菌，生長期刮除復發或新增病疤、涂抹7.5%強力輪紋凈5-10倍液于新老病疤交接處預防復發，控制發病。
五是對于較小病斑可直接在病斑上敷厚3～4cm的膠泥(超出病斑邊緣5～6cm)，用力貼緊裹緊塑料帶，防止雨水沖刷和早裂；嚴重病斑可使用硫酸羥基喹啉和植物生長激素，并加入液體塑料涂敷，封閉病斑，讓病菌缺氧酶中毒死亡。樹干基部病害嚴重時，可采用泥土堆埋的方法根治病害。
六是在5～8月果樹愈傷能力強的時期，將主干、主枝基部樹皮表層刮1～2mm，達到“病灶刮盡，新皮露白、幼皮露青，刮面光滑”的要求。刮后不涂藥，當年就可長出新皮。
七是及時處理病殘枝、燒毀刮下爛病皮，禁用蘋果樹枝做籬笆也是防治蘋果樹腐爛病不應忽視的環節。
八是成年樹病斑過大的，在春夏季進行腳接和橋接，以恢復樹勢。
蘋果輪紋爛果病蘋果輪紋爛果病又稱輪紋褐腐病或粗皮病，是近些年來紅富士蘋果最重要的果實和枝干病害。蘋果輪紋爛果病是由蘋果輪紋病菌和干腐病菌單獨侵染或復合侵染所致的潛伏侵染性病害。是一種既可侵害枝干，又能為害果實的特殊病害。
蘋果輪紋爛果病菌，一部分去侵染果實，造成果實發病，另一部分則去侵染枝干，造成枝干發病，但不論是果實發病，還是枝干發病，當年的新病斑都不能產生新的病菌孢子，不能形成再侵染。因此蘋果輪紋爛果病是一種枝干病瘤越冬，幼果期皮孔侵染，近成熟期開始發病的潛伏侵染性病害，具有雨頻高濕利于侵染，秋季高溫利于發病的特點，據此確定的防治策略是“早刮病瘤除病源，幼果套袋防侵染，秋季噴藥防擴展，低溫貯藏防腐爛”。具體防治方法如下：
一、晚秋、早春結合刮治腐爛病，刮除枝干病瘤和病斑，清除園內腐爛落果，集中銷毀，減少侵染來源。并噴膜力丹1000～1200倍液或用“膜力56”5～10倍液在刮除病斑老翹皮后涂抹。3月下旬至4月初噴3度石硫合劑。對發病重的大中枝干全面涂抹一遍7.5%強力輪紋凈懸浮劑5-10倍液，壓低樹上菌源。
二、蘋果樹發芽前，全園噴布一遍7.5%強力輪紋凈懸浮劑50-100倍液，鏟除樹體和圍欄植物體上的越冬菌源。果實套袋前2～3天，噴羅克1000倍液或凱歌4000倍液(多菌靈、綠色甲托也可)。摘袋后可再噴1次“強力輪紋凈”。實施蘋果套袋栽培技術，這是目前物理防治輪紋爛果病、提高蘋果色澤、降低果品殘毒的唯一有效方法。
三、果實侵染期，輪換交替連續用藥保護果實，免遭侵染，這是降低果實帶菌率，減少后期發病的重要方法。蘋果套袋前連續防治3次，用藥間隔期10天，可輪換選用70%甲基托布津可濕性粉劑800倍，68.75%杜邦易保水分散性粒劑1500倍，80%大生M-45可濕性粉劑800倍，50%撲海因可濕性粉劑1200倍，20%撲菌靈懸浮劑600倍。蘋果套袋后連續防治5-6次，用藥間隔期10-15天，可選擇以甲基硫菌靈、多菌靈、代森錳鋅、乙磷鋁等為主要成分的復配農藥與1：2—3：200的波爾多液輪換交替施用。
四、果實發病期，應用內吸性殺菌劑控制病菌擴展，減緩果實發病，這是輪紋爛果病防治的補救措施。蘋果摘袋前選用40%福星乳油8000倍液或70%甲基托布津可濕性粉劑800倍噴霧可控制病害發展，降低發病率。
五、8月，用膜力丹50倍液涂刷粗皮病部，促進健皮生長。
六、貯藏期嚴格剔除病果，注意控制溫、濕度。