辣椒的貯藏溫度，多數認為7～9℃適宜，低于6℃果實色澤變暗，并增加腐爛。 
    1．溝貯法  在窖內挖100厘米深、100厘米寬、東西長的溝(和窖身長平行)。溝內鋪砂，將辣椒散放溝內，40～60厘米厚，或連筐下溝。西安、太原等地是露地挖溝，溝寬100厘米左右，溝深100～150厘米之間，視各地氣溫不同而異，長不限。   
    采收后也可不經預貯直接入溝，散堆或裝筐。如果散堆，在溝底鋪上10厘米左右砂子或高粱稈，上面鋪放30～50厘米厚的辣椒，辣椒上面撒一層濕砂。如裝筐，筐內需放有濕蒲包等物，生筐裝20～30千克辣椒即可，蓋上筐蓋或覆一層濕蒲包。 
    貯藏前期注意防熱，每隔10～15天檢查倒動一次，筐裝的可隨時拿出來通風。并防止雨水澆淋。后期注意防寒，視氣溫變化及時覆蓋，從寒露能貯至新年或春節。損耗在10％～30％。
     2．窖貯   
    (1)筐貯  將挑選后的辣椒置于筐中，筐內有的地區墊紙，有的襯上消過毒的濕蒲包或墊上一層麥秸。裝好后加以覆蓋，將筐碼成垛(北京、西安等地)。
    (2)架貯  在窖內作成1.5～2米高、寬1米的架，分上、中、下三層，下層離地面約20厘米左右，將辣椒平鋪在架上2～3層(西安等地)。
    (3)散堆貯藏  先在窖內地上鋪一層厚約10厘米左右的稻草或麥秸，上面放上辣椒約30厘米厚，堆一長條。然后視窖溫情況覆蓋稻草、秸、蒲包等。
    (4)窖內管理  注意通風和窖內溫濕度的控制，開始 7～10天檢查一次，發現紅果、爛果及時處理，后期可半個月檢查一次，如覆蓋的蒲包或草簾太干時及時更換或灑水。可貯至春節。