馬鈴薯喜涼爽，不耐寒，不耐熱，如果其貯藏不當，容易發生病害和腐爛。馬鈴薯的安全貯藏與環境溫度、濕度、通風及光照等條件有密切關系。馬鈴薯從鮮薯采收、貯存到加工，很容易受機械擦傷和引起內傷，受傷組織對微生物的抵抗能力大大降低，易被霉菌感染，形成黑色、褐色甚至紅色的各種色素，這些色素積累在傷口表面，導致塊莖以褐變為主的色變；霉菌感染也是導致塊莖貯藏中腐爛的一個重要原因；貯存溫度直接影響塊莖中淀粉轉化為還原糖的量；抑制塊莖的發芽也是延長馬鈴薯貯存期的非常重要的措施。
    馬鈴薯的貯存一般采取以下措施：
    (1)預處理
    薯塊在收獲后，可在田間就地稍加晾曬，散發部分水分，以便貯運。一般晾曬4h，就能明顯降低貯藏發病率，日曬時間過長，薯塊將失水萎蔫，不利于貯藏。夏秋季節收獲的馬鈴薯都需先堆放在陰涼通風的室內、棚窖內或蔭棚下預貯，然后進行挑選，剔除病害、機械損傷、萎蔫、腐爛薯塊。在搬運中最好整箱或整垛地移動，盡量避免機械損傷。
    (2)防腐處理
    80年代之前，多用硫酸銅、多菌靈等保護性殺菌劑混溶于清洗液中進行抑菌防腐處理。現在，“苯諾米爾”(benomyl)、噻苯咪唑(TBZ)、氨基丁烷熏蒸劑等更多用于馬鈴薯的防腐保鮮及果蔬加工中。仲丁胺也是一種新型的安全的仿生型馬鈴薯防腐劑，洗薯時，每千克50％的仲丁胺商品制劑用水稀釋后，可洗塊莖 20 000kg，熏蒸時，按每立方米薯塊60mg～14g 50％仲丁胺使用，熏蒸時間12min以上，防腐效果良好。
    另外，以甲殼素、殼聚糖、麥芽糊精、石蠟等為主制成的被膜保鮮劑，兼有氣調、抑制呼吸作用的功能，應用前景廣泛。
    (3)抑制發芽處理
    在馬鈴薯收獲前4～6周用2 500mg／kg的青鮮素(maleic hydrazide，學名馬來酰肼)噴施馬鈴薯植株。異丙基n-(3-氯苯)氨基甲酸酯(CIPC)是目前世界上最廣泛使用的馬鈴薯抑芽劑，CIPC的施用方法有熏蒸、粉施、噴霧和洗薯4種，以熏蒸的抑芽效果最好，可長達9個月。熏蒸的適宜量范圍：0.5％～1％，一次熏蒸的時間在48h左右，洗薯塊的適宜濃度為1％。
    (4)合適貯存條件
    馬鈴薯一般要求貯藏在冷涼、避光、高濕度的條件下，有條件的地方宜進行高濕度氣調貯藏(RH90％～95％)。在馬鈴薯加工品質劣變的貯藏期間還原糖的積累是由于淀粉的降解引起的。淀粉的降解可以由淀粉水解酶和淀粉磷酸化酶催化進行，但這兩種酶要求的最適溫度是不一樣的：在0～9℃范圍內，馬鈴薯塊莖內淀粉的降解主要由淀粉磷酸化酶催化進行，塊莖內積累“葡萄糖-1-磷酸”；在高于10℃的貯藏溫度下，淀粉的降解主要由淀粉水解酶催化。因此，理想的貯藏溫度應該是10～12℃。在馬鈴薯加工前，如將馬鈴薯的貯藏溫度升高到21～24℃經過一個星期的貯藏后，大約有4／5的糖分可重新結合成淀粉，減少了加工淀粉時的原料損失以及加工食品時的非酶褐變的發生。