低溫貯藏番木瓜果實，可以延長貯藏壽命，因此，這種貯藏方法特別適合于遠途地面運輸和遠距離市場銷售的需要。低溫貯藏是把經熱水浸果、熏蒸或輻射處理后的番木瓜，立即轉移到大約13℃溫度的貯藏庫或運輸車箱內，在這個溫度下，番木瓜一般能夠貯藏2—3周時間，在以后移置室溫下后熟時能夠正常后熟，保持果實品質。

    低溫處理的番木瓜，要求至少在開始變黃的成熟階段采收比較合適，因為這個階段的番木瓜對冷害比較不敏感。

    與低溫貯藏相結合的幾個實驗說明，低壓貯藏可以減少番木瓜果實腐爛的發展，但僅是在抑制病菌的生長方面起到作用；其他一些氣調貯藏是在低溫下和1%—1.5%含氧量的控制氣體條件下，獲得延長為數不多的貯藏時間。這些實驗都需要與傳統的采后處理、熱處理、殺菌劑處理和冷藏條件相配合，而附加的低壓或氣調實驗提高了成本經費，故在商業實踐上尚末使用。