國外菜籽的加工大部分是先將菜籽脫殼后，冷溶制油，殼作能源，脫殼的餅粕進一步深加工制成分離蛋白或濃縮蛋白及飼料。國內幾乎都是帶殼預榨后浸出制油，帶殼榨油所得的毛油還需要加酸、加堿、脫色、脫臭等處理進行精制，在精制過程中大部分磷脂等營養成分作為下腳料除去了。由于中國目前油菜品種尚未雙低化(低芥酸、低硫苷)，所以還需要餅粕脫毒、毛油精制等工藝處理。為了解決餅粕帶毒的問題，國內外不少學者作出了努力，一是通過培育低硫苷品種，二是將高硫苷菜籽餅進行脫毒處理，目前有蒸煮脫毒、酶解脫毒、坑埋脫毒、堆放脫毒等方法，但用這些方法脫毒的菜餅顏色發黑、蛋白變性、營養價值也大大降低。

    另外，菜餅中除硫苷有毒外，還存在植酸、多酚類(單寧)等有毒物質．含有植酸等抗營養性物質的菜餅，有刺激性氣味，作飼料畜禽的適口性差；多酚類物質還與蛋白質容易形成致密的不易腐敗的不透水的鞣質，從而影響蛋白質的吸收。不少學者研究從菜餅中提取濃縮蛋白或分離蛋白的技術，但很難形成產業化，原因就是植酸和單寧與蛋白的緊密結合，使濃縮蛋白產品中含有更高含量的植酸和單寧，蛋白質只有55％～62％轉化為分離蛋白質。