對飲用水進行消毒處理，也是從源頭上控制污染，預防腸道傳染病流行的重要措施。飲用水消毒方法主要有煮沸消毒法和藥物消毒法。

煮沸消毒方法簡便易行效果可靠，生水經煮沸5分鐘左右，水中的病原微生物可大部殺死，有條件的單位應盡量飲涼開水或深井水，盡量不飲地面水，坑、塘死水，污水。

漂白粉消毒法是當前廣泛采用的生水飲水消毒法。把100升水倒入水缸中加漂白粉1克（含有效氯0.2克），用干凈棒攪后半小時即可使用。如往水井、水塔、水罐中加漂白粉，可按每1立方米水量加漂白粉8克計算，消毒30分鐘即可使用。此外，也可用高錳酸鉀或其他消毒藥進行消毒處理，確保水質安全。