消滅蒼蠅的辦法很多。目前常用的辦法是定期撒藥，這個辦法既增加費用開支，又對環境造成污染，把蒼蠅的天敵也同時殺滅，而且時間長，蒼蠅會產生抗藥性，很快又繁衍復興起來。消滅蒼蠅，要根據蒼蠅生活史，從聚生地多想辦法，改善環境，使蒼蠅不適生存。

控制舍內濕度 蒼蠅卵后在相對濕度35%以上才能孵化成幼蟲，最佳孵化相對濕度為70%，保持欄舍通風干燥是控制蒼蠅繁殖最好的辦法。為控制舍內濕度，清潔飲水器要小心，以免溢水。飲水器漏水，要立即更換，并把漏水處理干凈。飲水槽出水口應用膠管套上，把流出的水引入水溝流到舍外。使用飲水槽時，水槽的水位不要太高，保持有0.5厘米深的長流水水位即可，以免溢出。舍內沖洗時，要把水掃清，打開門窗，加強通風，使舍內地面迅速干燥。

嚴防蠅蛆逃跑 因蠅蛆老化后，一定要爬出糞坑，鉆入干燥的墻縫或舍外松土內，才能變成暗紅色的圍蛹，圍蛹再過幾天就羽化為有翅的成蠅。如把舍內地面破孔和墻腳破縫補好，舍的周圍筑有堅實的水泥，最好還撒上石灰或殺蟲粉，這樣老化蛆就跑不出去，在蛆的階段就將其自然消滅。

使用添加劑 在飼料中添加滅蠅蛆的藥物或者添加劑，可以達到驅除、殺滅各階段動物體內外寄生蟲的目的，動物排出的糞便同樣能發揮藥效殺滅糞溝里的蠅蛆和蛹，從而達到控制蒼蠅的良好效果。