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鴨瘟自然感染的潛伏期一般為2～4天，病初體溫急劇升高為43℃～44℃。病鴨表現精神沉郁，頭頸縮起，離群獨處，食欲減退或廢絕，喜飲水，羽毛松亂，兩翅下垂，兩腳發軟，走動困難，若強行驅趕則用兩翅拍地而走，走幾步就倒地不起，此時病鴨不愿下水，若強迫其下水，則漂浮水面并掙扎回岸。
病鴨眼周圍濕潤、流淚，眼瞼腫脹，有的流出黏性或膿性分泌物使眼瞼粘連不能張開，有的眼瞼外翻，結膜充血、出血或形成小潰瘍。鼻孔流出漿液性或黏液性分泌物，呼吸困難，叫聲嘶啞無力。部分病鴨頭頸部腫脹，俗稱“大頭瘟”。病鴨下痢，排出綠色或灰白色稀糞，肛門周圍的羽毛被污染并結塊。泄殖腔黏膜充血、出血、水腫，嚴重者黏膜外翻，黏膜面有黃綠色的假膜且不易剝離。
患病后期，病鴨體溫下降，體質衰竭，不久即死亡。急性病例病程一般為2～5天，亞急性為6～10天，病死率在90％以上，個別不死的病例轉為慢性，呈現出消瘦、生長發育不良的癥狀。產蛋鴨群的產蛋量減少，一般減產30％左右，隨著死亡率的升高，可減產60％以上，甚至停產。
