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消毒劑主要用于殺滅傳播媒介上的病原微生物，使其達到無害化要求，將病原微生物消滅于畜禽體外，切斷傳染病的傳播途徑，達到控制傳染病的目的。
堿類主要包括氫氧化鈉、生石灰等，一般具有較高的消毒效果，適宜環境消毒，但有一定的刺激性及腐蝕性。價格較低。
氧化劑類主要通過氧化作用來實現，但易受溫度、光線的影響蒸發失效，消毒力受污物影響最大。包括雙氧水、高錳酸鉀、過氧化氫等。
鹵素類所有鹵素均具有顯著的殺菌性能，氟化鈉對真菌及芽孢有強大的殺菌力，1%~2%的碘酊常用作皮膚消毒，碘甘油常用于黏膜的消毒。細菌芽孢比繁殖體對碘還要敏感2倍~8倍。鹵素類易受溫度、光照、蒸發等條件影響而失效。而且其消毒力受污物的影響大，需要在強酸下才有效，堿性條件下效果降低。包括漂白粉、碘酊、氯胺等。
酚類酚能抑制和殺死大部分細菌的繁殖體。真菌、病毒對石炭酸不太敏感。對位、間位、鄰位甲酸的殺菌力強，混合物稱三甲酚。來蘇爾比酚殺菌力大4倍。酚類消毒能力較高，但具有一定的毒性、腐蝕性，污染環境，價格也較高。包括苯酚、魚石脂、甲酚等。
甲醛甲醛可消毒排泄物、金屬器具，也可用于欄舍的熏蒸，可殺菌并使毒素下降。具有刺激性、毒性，長期使用會致癌，易造成皮膚上皮細胞死亡而導致麻痹死亡，甲醛的消毒力受污物、溫度、濕度影響大。包括甲醛、戊二醛、環氧乙烷等。
