泥鰍養殖規模逐漸擴大，但是人工孵化泥鰍苗的技術還沒有被很多人掌握，這就導致了人工育苗的產量很難供應給絕大多數泥鰍養殖戶，使價格居高不下。一些野生泥鰍苗的供應商在銷售泥鰍苗的時候會用野生泥鰍苗冒充人工孵化的泥鰍苗賺取暴利。

浙江恒源泥鰍養殖基地潘先生經過數年的鉆研，成功地掌握了泥鰍苗人工孵化技術，目前潘先生每年都會接待來自全國各地的泥鰍養殖戶，傳授他們泥鰍苗孵化技術，潘先生從三個方面分析了野生泥鰍苗和人工孵化的泥鰍苗在養殖過程中有什么具體的優缺點。

第一，人工泥鰍苗種自孵化之日起，就在人工設計的養殖場所成長，適應能力強；而野生泥鰍，生性狂放，不受拘束，難以適應養殖場固定狹小的空間。

第二，在吃食方面，人工苗種孵化出來之后就開始吃人工培育的飼料，所以吃食快，易吸收；而野生苗種，吃慣了各種雜食，如果突然給它投喂人工飼料，需要一個漫長的適應過程，當適應后，已經錯過了泥鰍生長的黃金時期，至少在生長速度上慢了一截。

第三，人工苗種與外界接觸少，并且是在徹底人工消毒的孵化池中生長，發病的機率非常小；而野生苗種在野外生長，不確定性因素很多，也許某些泥鰍本來就攜帶有病原體。外表看起來和人工孵化苗沒什么區別，但是從最近幾年的情況來看，野生泥鰍苗的發病率居高不下。或許經驗非常豐富的養殖戶可以提前使用一些藥物來盡量避免病害的發生，但是頻繁地用藥對于泥鰍的養殖只能是有害無益的。