對于癥狀相似的草魚疾病，如果不能及時區別診治而盲目施藥，往往起不到應有的防治效果，甚至會加重病情，影響養殖效益。 
 
    1、細菌性爛鰓病與鰓霉病。病魚的共同特征是鰓瓣受損、腐爛發白。細菌性爛鰓病病魚主要表現為：鰓絲腐爛發白，鰓絲尖端軟骨外露，附有污泥和黃色黏液，鰓蓋骨內表皮充血，表面常被腐蝕成不規則的透明小洞。鰓霉病病魚主要表現為：鰓瓣點狀出血，部分鰓絲發白并呈腐爛狀。 
 
    2、腸炎型出血病與細菌性腸炎病。病魚共同的特征是腸道充血發炎。腸炎型出血病病魚主要表現為：腸道局部或全腸因出血而鮮紅，腸壁微血管特別明顯，腸道充血而不腐爛，有韌性，口腔出血。細菌性腸炎病病魚主要表現為：腸道全部充血發炎呈紫紅色，后腸近肛門一段尤為明顯，腸壁的黏膜潰爛化膿，腹部膨大有紅斑，腹腔內有黃色腹水。腸炎型出血病可注射草魚出血病滅活疫苗進行免疫防治。

3、白頭白嘴病與車輪蟲病。白頭白嘴病的病魚頭部和眼球區的皮膚變成乳白色，唇部腫脹，周圍皮膚腐爛，并有絮狀物黏附。車輪蟲病的病魚頭部和嘴周圍呈淺白色，頭部附有一層白色粉狀物質并分泌很多黏液。