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根腐病在小麥各生育期均可發生，可危害植株各部位，表現根部腐爛、葉片出現病斑、莖枯死、穗頸枯死等癥狀。苗期發病，小麥芽鞘和根部變褐色甚至腐爛。發病輕的植株生長細弱，不久枯死；發病嚴重的幼芽不能出土便枯死。分蘗期病株莖基部出現褐色病斑，葉鞘也變褐腐爛，無效分蘗增多、叢生，嚴重時幼苗枯死。生長后期發病，病株易拔起，但不見根系腐爛，引起倒伏和形成“白穗”。春季氣溫不穩定，返青期遇寒流，麥苗受凍后抗病能力下降，易誘發根腐病，造成大量死苗。
小麥根腐病易防難治，應以預防為主，發現病株后及時用藥治療。可以在發病初期，選用烯唑醇、丙環唑、三唑酮、多菌靈、甲基硫菌靈等藥噴霧防治。噴藥應噴勻、噴透，使藥液充分浸透根、莖。播前選用三唑類殺菌劑拌種，是預防該病的最有效措施。
紋枯病和全蝕病也會使小麥莖基部腐爛，葉片發黃。將病苗拔起，仔細檢查麥苗發病部位及根系，可以區分這幾種病害。小麥紋枯病主要發生在葉鞘及莖稈上，初期在近地面的葉鞘上產生褐色梭形病斑，中央淡褐色或灰白色，以后逐漸擴大并擴展至莖稈上，顏色變深，重病株莖基部１～２節變黑甚至腐爛，常出現早期死亡。紋枯病病株莖和葉鞘基部通常受到破壞，手拔病苗常將麥苗基部拔斷而不能將根拔起。小麥發生全蝕病后，根部和莖基部１～２節變黑，植井岡霉素及株矮小，葉片自下而上逐漸發黃，輸導組織逐漸壞死，生長受阻、發育不良，抽穗后田間出現成簇白穗或連片白穗。“黑腳”和白穗是該病的典型癥狀。全蝕病病株根系受到破壞，通常輕輕一拔就起，除粗根還殘留一部分外，其余根都會被拔斷。
對小麥紋枯病，可以在發病初期噴施烯唑醇、丙環唑、戊唑醇、己唑醇等三唑類藥防治。小麥發生全蝕病后也可以用三唑類藥噴霧防治，但防治效果不理想。全蝕病主要應在播前用苯醚甲環唑、戊唑醇、腈菌·戊唑醇、硅噻菌胺等藥拌種預防。
