番茄猝倒病常發生在幼苗出土后、真葉尚未展開前，病菌侵染后幼莖基部發生水漬狀暗色斑，繼而繞莖擴展，逐漸縊縮呈細線狀，使幼苗地上部因失去支撐能力而倒狀，苗床濕度大時，在病苗或其附近床面上常密生白色綿絮狀菌絲。苗床低溫高濕，幼苗生長緩慢時易發病。主要防治方法如下：
　　
　　1、采用快速育苗或無土育苗法，做好苗床穴盤及棚室的消毒。加強苗床管理，看苗適時適量放風，避免低溫、高濕條件出現，不要陰雨天澆水。

2、苗期噴施0.1％～0.2％磷酸二氫鉀、0.05％～0.1％氯化鈣等，提高抗病力。
　　
　　3、苗床消毒，每平方米苗床可選用40％五氯硝基苯9～10克，加細土4.0～4.5千克拌勻，播前一次澆透底水，待水滲下后，取1/3藥土撒在畦面，下種后再把余下的2/3藥土覆蓋在上面。也可在發病前或發病初期用72.2％普力克水劑400倍液噴淋，每平方米用藥液2～3升。

4、及時進行藥劑防治，可噴72％克露可濕性粉劑600倍液、或72％安克錳鋅可濕性粉劑1000倍液、或％雷多米爾可濕性粉劑500倍液，或75％百菌清可濕性粉劑600倍液、或64％殺毒礬可濕性粉劑500倍液、72.2％普力克水劑600倍液，隔7～10天一次，視病情防治1～2次。