雖是秋季，但番茄的枝桿生長能力仍很茂盛，剪掉側枝（即打杈），可以減少養分的消耗，而增加番茄產量。整枝打杈主要有兩種方法：單枝整枝法和一干半整枝法。

一是單枝整枝法：單枝整枝法是目前番茄生產上普遍采用的一種整枝方法；單枝整枝每株只留一個主干，把所有側枝都陸續摘除，主干也在達到預定果穗數時摘心。注意事項：打杈不宜從基部掰掉，最好使用剪刀或刀片剪（切）除,以防損傷主干，也可以留一葉打杈，這樣還可增加植株葉片數，促進生長發育，特別是靠近葉片的果實生長發育，但是多一葉就多一側枝，增加了用工量。最后，摘心時一般在最后一穗果的上部留2-3片葉，不宜靠近果摘心，果穗上部如不留葉片，則這一果穗的生長發育將受到很大影響，甚至落花落果或果實發育不良、產量、品質顯著下降。