菌種質量是平菇豐產的關鍵。優質的平菇二級菌種及三級菌種應有如下特征：菌絲濃密、潔白，長勢均勻粗壯，呈絨毛狀，有爬壁現象，在培養基表面有少量珊瑚狀小菇蕾出現，菌齡以20～25天為宜，菌種斷面菌絲明顯，有明顯的菇香味。如培養基表面出現大量子實體原基，說明菌種已成熟，要盡快使用。
　　
　　在引種之前，必須弄清菌種的溫型，然后根據自身條件及出菇溫度確定菌種溫型。8～9月投料栽培平菇，由于氣溫高，出菇期有時會出現30℃以上的高溫，而進入10月后氣溫會逐步降低，為了確保高溫和低溫期間均能正常出菇，選用的菌種應是既能耐高溫又能兼顧低溫出菇的優良菌種。8月中旬至9月中旬栽培平菇，選用江都109、華豐1號；9月下旬至10月中旬栽培平菇，選用駐9703、P50；10月下旬至11月下旬栽培平菇，選用黑平王、8801。若選用的菌種溫型不當，是不適宜作秋季栽培的，引種時一定要慎重。另外要根據當地的自然資源選擇菌種，目前栽培平菇的主要原料為棉子殼和玉米心，不同品種分解培養料的能力不同，要選擇適合培養料的菌種。