芹菜心葉變黑、變褐的現象可能由多種原因造成，根據癥狀明確病因、對癥治療，才能取得理想效果。

心腐病 發病初期芹菜心葉葉脈間變褐，葉緣細胞逐漸壞死，呈黑褐色，最后心部腐爛。這是由缺鈣引起的生理性病害。連作田塊不注意施用鈣肥；雨水沖失土壤中有效的鈣素；植株施氮過多、缺乏水分供應或發生根腐病、根結線蟲病，根系不能正常吸收鈣素，這些因素均能造成缺鈣。防治方法：施用鈣素含量較高的肥料；及時澆水和防治病蟲；發現缺鈣后及時噴施葉面肥補鈣，同時每隔20天噴施一次0.2％磷酸二氫鉀液。

缺硼 發病初期葉柄異常肥大、短縮，并向內側彎曲。彎曲的部分內側組織變褐，逐漸龜裂，葉柄扭曲以至劈裂，嚴重時幼葉邊緣褐變，心葉壞死。這是由缺硼造成的生理性病害。不少地區由于長期單一種植需硼量大的作物，土壤中有效硼含量偏低，加上不注意施硼肥，發病較普遍。防治方法：播前每畝施多元硼肥1公斤作基肥，生長前期葉面噴施0.1%～0.3%多元硼肥水溶液2～3次。

黑腐病 病狀多發生在根頸部和葉柄基部，有時也危害根部。病部變黑腐爛，其上生許多小黑點。植株生長停滯，外部1～2層葉片因基部腐爛而脫落。該病為真菌性病害，除通過選用抗病品種、種子處理、科學管理等農業措施防治外，在發病初期可用50％甲基托布津可濕性粉劑500倍液或可殺得（77％氫氧化銅可濕性粉劑）500倍液噴霧防治。