一般情況下，彩椒棵與棵之間的枝葉相互重疊之前不進行整枝，盡量增加第一茬果的產量。當第一茬果實采摘完畢后，營養生長會加快，此時開始整枝，根據長勢和空間每棵留2至3個主枝，長勢強的留3個主枝，長勢弱的留2個主枝，周圍有缺棵的植株或空間較大的地方可以選留4個主枝。需打頂的分枝一般留3至4片葉后拿頂，留果一般從主枝上留；如果主枝未坐住果實，也可以在分枝上留一個果實后打頂。打頂時展開的葉子要保留，將未展開的葉片和多余的花蕾打掉。