一般雙子葉作物比單子葉作物對麥角甾醇生物合成抑制劑更加敏感，這類殺菌劑在雙子葉作物上使用更容易造成藥害。據報道，用烯唑醇防治西瓜和辣椒苗期白粉病，曾在浙江和江蘇造成嚴重的僵苗；噴施三唑類藥物，導致黃瓜節間縮短，葉片和瓜果短小；在陜西，用40%福星（氟硅唑）8000～10000倍液防治梨黑星病，曾發生過出現卷葉癥狀的藥害；用烯唑醇的同系物多效唑處理早稻秧苗，造成后茬粳稻秧苗僵化；用三唑酮進行種子處理，曾造成小麥大面積不出苗。

同類作物的不同品種對三唑類殺菌劑的敏感性有較大差異，如粳稻比秈稻敏感。不同的三唑類殺菌劑品種對植物的生長抑制能力不同。據南京農業大學植物保護學院周明國等人研究，用相同濃度的三唑類殺菌劑進行種子處理，對禾谷類作物出苗后12天的葉面積的生長抑制如下：抑霉唑15%，三唑醇16%，丙環唑20%，三唑酮22%，氯苯嘧啶醇23%，乙環唑27%，芐氯三唑醇28%，烯唑醇45%。烯唑醇對植物生長的抑制作用更為明顯。在水稻等作物上使用三唑類殺菌劑會導致作物葉片短小，嚴重時甚至不能抽穗。

水稻抽穗前噴施三唑酮，其最大的副作用是抑制稻株體內赤霉素的合成，影響穗下節間的拔長，嚴重的可造成水稻抽穗不良，出現包頸現象。但在不同水稻品種、不同的用藥量條件下，這種副作用所造成的影響也不一樣，并不是抽穗前噴施三唑酮后一定會出現水稻抽穗不良，事實上在大多數情況下噴施三唑酮后并不造成太大的不利影響。對抽穗前噴施過三唑酮的田塊，特別是過量噴施三唑酮的田塊，應注意在抽穗期觀察水稻抽穗情況，如果發現水稻抽穗困難，有包頸現象，可以酌情噴施赤霉素促進水稻抽穗，一般每畝用赤霉素純藥0.5克左右加水50公斤噴霧。

目前生產上防治稻瘟病的常用藥劑主要是三環唑（屬唑類農藥）、稻瘟靈（富士一號）等。三環唑為保護性藥劑，具內吸性，噴藥后藥物能被水稻植株吸收，并在體內傳導，通過阻止稻瘟病病菌孢子在稻葉上萌發和侵入而起作用，稻株發病后使用該藥沒有效果，也不能阻止病菌由傷口侵入，應在田間沒有發病或者發病初期用藥。稻瘟靈對稻瘟病兼有預防和治療作用，在水稻發病后使用也有良好的防治效果。稻瘟病存在對稻瘟靈抗藥性小種，如果田間有這些小種，宜在水稻發病初期將三環唑與稻瘟靈配合施用。

近年來，咪唑類廣譜性殺菌劑咪鮮胺（施保克、使百克）在水稻生產上得到大面積推廣應用。該藥通過抑制甾醇的生物合成而起作用，雖然不具內吸作用，但具有一定的傳導性能，對子囊菌及半知菌引起的多種作物病害有特效，在水稻上使用能有效防治惡苗病、稻曲病、稻瘟病等病害，特別是在穗期使用也有較好的安全性。據江蘇省綠盾植保農藥實驗有限公司報道，近年來該廠生產的田茂（36%多·咪鮮可濕性粉劑，含咪鮮胺4%、多菌靈32%）在近30萬畝水稻上用于防治稻瘟病、稻曲病等病害，防效達70%～90%，沒有發生藥害或者影響水稻抽穗，規避了硫·三環、三唑酮、烯唑醇等農藥品種在水稻穗期使用容易產生抽穗不良等藥害的問題。該藥與防治稻瘟病、稻曲病的常用藥井岡霉素、三環唑交替使用，有利于延緩病菌抗藥性的產生，提高防效。一般在水稻破口期每畝用藥45克，在病害偏重發生時宜適當加大用藥量，或者用藥2次，第一次適期用藥后隔5～7天再用藥一次。

上述陳志華反映水稻在抽穗前發生了稻瘟病和白葉枯病。在這種情況下，單用三唑酮、三環唑、稻瘟靈、咪鮮胺、多菌靈等主要針對真菌性病害的藥劑，對水稻白葉枯病沒有效果，應將這些藥與防治水稻白葉枯病的藥劑如葉枯唑、克菌壯、銅高尚、噻森銅、噻菌銅等藥劑配合使用。選用銅高尚等銅制劑保護劑，既對水稻白葉枯病有良好的防治效果，又對稻瘟病、紋枯病有良好的防效，在田間水稻破口前7～10天用藥（可以掌握在田間有50%的水稻莖蘗的劍葉與倒二葉葉枕相平時用藥），對稻曲病也有良好的防治效果。