穗頸瘟是發生在穗頸處的稻瘟病。病斑初期呈水漬狀褐色小點，以后逐漸擴展呈褐色或黑綠色。發病早的多形成白穗，發病遲的癟粒增加，粒重降低，影響米質。穗軸和枝梗也可發病，癥狀與穗頸發病相似。濕度大時，以上發病部位都可產生灰色霉層。

水稻受稻瘟病病菌浸染部位組織的老嫩，對抗病性的強弱有影響。一般穗頸在始穗期最易感病，抽穗6天后抗病性逐漸增加。這是因為水稻始穗后葉鞘松弛，為稻瘟病病菌侵入開了方便之門，同時穗軸剛伸長時穗頸部位比較幼嫩，是稻株最薄弱的地方，病菌容易侵入。破口抽穗期天氣條件是決定穗頸瘟發生的重要因素。氣溫在20-30℃，田間濕度在90%以上，稻株體表保持一層水膜的時間達6-10小時的情況下，稻瘟病分生孢子最易萌發侵入。在抽穗時，如果雨濕大，氣溫降低到20℃以下并持續1周左右，水稻抗病性降低，穗頸瘟發生嚴重。

防治穗頸瘟，一般要在破口始穗期（全田水稻破口期10-15%）用藥。今年很多地方水稻破口抽穗期遇連續陰雨天氣，有利于稻瘟病發生。對淮稻9號、華粳6號、徐稻3號、徐稻4號等感或中感穗頸瘟的品種，應在齊穗期（抽穗80%時）再用藥一次，以確保防效。防治適用藥主要有稻瘟靈、三環唑、咪酰胺等。

對穗頸瘟，防重于治，關鍵是抓住始穗期和齊穗期這兩個時期用藥，錯過防治適期再用藥防治效果差。在水稻齊穗后不久發現田間有少量稻株剛開始發病，及時噴施稻瘟靈、多?咪鮮、甲硫?咪鮮胺等藥，有一定的治療作用。齊穗后20天穗頸瘟發生漸趨穩定，此時用藥難以挽回損失，不宜再施藥。