可以提供各種營養元素。化肥中只含有一種或幾種營養元素，長期單一施用化肥，稻田中的某種營養元素被大量取走卻得不到及時補充，會造成水稻某些營養元素嚴重缺乏，出現缺素癥狀和各種病害。而有機肥養分齊全，肥效穩而長，施用于稻田，能防止缺素、早衰和脫肥等現象。

有利于改良培肥土壤長期單一施用化肥，會造成稻田腐殖質含量逐年下降，土壤團粒結構受到破壞，土壤板結，土薄地瘦、蓄水保肥能力降低。而施用有機肥后，在微生物的作用下，一方面礦質化為作物吸收的營養元素，另一方面腐殖化為腐殖質，改善土壤的物理性狀，調節土壤水、肥、氣、熱狀況，使土壤疏松易耕，變瘦土為肥土，變壞土為好土。

有利于改良低洼冷浸田。冷浸田潛育型稻田廣泛分布于沖垅谷地、庫塘下部、平原和湖區的低洼地帶。這些稻田施入腐熟的有機肥料，可以提高土壤的抗逆性，有利于降低土壤容重，改善土壤結構，提高土壤保蓄水肥的能力。同時還能提高土溫，促使水稻早生快發，提早返青分蘗，防止僵苗的發生。

促使土壤微生物繁衍，提高化學肥料的利用率。施用有機肥后，有機質腐解能為土壤微生物的生命活動提供所需要的能量和養料；反過來，微生物活動加速了有機質的分解，可以改良土壤結構，增加土壤有機質的含量，豐富土壤養分，提高土壤肥力。有機肥在分解的過程中，能放出大量二氧化碳，并產生有機酸等物質。由于二氧化碳濃度的提高，進一步滿足了作物光合作用的需要。產生的有機酸，又能使土壤中原來難溶性的無機礦物鹽類和難溶性肥料加速轉化，變為能被作物吸收的營養，提高了土壤中原有養分的有效性。土壤對有機肥中磷的固定較小，而且有機肥中的磷50%~60%是水溶性或檸檬酸溶性的，可與化學肥料中的磷互相溶解，加速吸收。長期的生產實踐證明，土壤肥力與作物產量有著密切的關系。高肥力土壤上的作物光能利用率，比低肥力土壤高15~30倍；高肥力土壤上種植的作物比低肥力土壤早熟5~10天；高肥力土壤上作物產量可較低肥力土壤高50%~100%。所以大量增施有機肥料，保持和提高土壤肥力，對提高糧食產量和降低生產成本，具有極其重要的作用。

一些施用肥料較多、農業生產比較發達的國家，如美國、日本、德國、荷蘭等，也都十分重視有機肥料的施用。在提倡生態農業的今天，更應該千方百計地積制和利用有機肥料，如收集以人畜糞尿為主的農家肥，大力發展綠肥，大搞農作物秸稈還田，推廣使用沼氣渣肥等，是發展現代農業，增強農業后勁，增加糧食產量的重要戰略措施。