窖藏期要求溫度不同紅薯是喜熱作物，種植是在溫度高的夏季和早秋，窖藏期最適溫度是10℃～15℃，如果溫度過低，就會受冷害，嚴重時產生“硬心”腐爛。馬鈴薯是喜冷的作物，種植是在低溫的早春和晚秋，窖藏期最適溫度是1℃～5℃，如果溫度過高，就會發芽變青有毒不能食用。

窖藏期要求通風透光不同紅薯是塊根貯藏，冬貯時呼吸微弱，需氧量很少，在無光黑暗不通風微氧條件下能安全越冬。馬鈴薯卻不同，它是塊莖貯藏，冬貯時，不僅要有一定的散射光，還必須有充足的氧氣。如果缺氧，馬鈴薯被迫進行無氧呼吸，由于酒精中毒，而引起薯塊“出汗”從而導致腐爛，所以，冬貯就要有很好的通風和適度的透光條件。

根據紅薯、馬鈴薯在貯藏期的生理特性，如果把二者窖藏在一起，在管理上不可能二者溫、光、氧的需要都能得到滿足。結果不是馬鈴薯發芽有毒，就是紅薯“硬心”，所以二薯切勿混合窖貯。