玉米苗顏色多數為深綠色，如果管理不當、缺肥或者氣候異常，玉米苗顏色會變為黃色、紅色、白色、紫色、淡綠色、黃綠色等異常的顏色，即所謂的黃葉苗、白化苗、紫葉苗、僵葉苗、黃綠苗。玉米苗顏色異常，既影響玉米正常生長，又降低產量和品質，因此，要設法控制。
   
　　黃葉苗  起初秧苗葉色淡綠，逐漸變黃，嚴重時全葉枯死。其危害是造成空稈或禿尖。發生原因：種子不飽滿，秧苗不壯；播種過深，出苗弱；密度過大，影響生育；土壤缺肥。控制措施：一是播前精選良種，挑出秕粒、霉粒、壞粒、小粒，確保種子凈度、純度均在98%以上，發芽率在90%以上。二是催芽播種，采用種子包衣或肥水浸種。三是適時間苗，在玉米3到4葉時去掉小苗、弱苗、病苗及田間雜草。四是間苗后，補施氮肥，促苗早生快發。五是對出苗前后有干土塊的，要及時打碎干土塊。  
   
　　白化苗  葉片上有白色的條紋，嚴重的全株葉片發白，最后干枯，造成植株死亡，顆粒不收。發生原因是土壤中缺鋅。控制措施：一是用鋅肥作種肥，每667平方米用硫酸鋅1.5-2.0千克，和15-20千克細土混合均勻，在玉米播種時撒在種子旁邊。二是鋅肥拌種，用2-3千克溫水，溶解1千克鋅肥，拌25千克玉米種子，陰干后播種。三是葉噴鋅肥，對出現缺鋅的苗，每667平方米用0.2-0.3千克的硫酸鋅加水100千克進行噴霧，每隔7天噴1次，一般噴2-3次即可使苗恢復正常。
   
　　紫葉苗  秧苗葉片、葉鞘由綠變紅，最后變紫，一般在玉米3葉期出現，在4-5葉時表現最明顯，根系不發達，莖細小，生長緩慢，葉片由綠變紫，嚴重時葉片枯死。產生紫苗主要是因為土壤缺磷，根系吸收能力下降，葉綠素合成受阻，致使葉片由綠變紫，3葉期后低溫也易發生紫苗。紫苗的危害：可導致玉米空稈、禿尖，影響產量，降低品質。控制措施：一是增施磷肥作底肥，一般667平方米施40-50千克過磷酸鈣和腐熟發酵的有機肥作底肥。二是葉面噴施磷酸二氫鉀，若出現紫苗，可以用0.2％的磷酸二氫鉀進行葉面噴施2-3次，時間間隔8天左右。
   
　　僵葉苗  主要發生在幼苗3葉期之前，秧苗株形細小、葉片淡綠，不壯、不新鮮，黑根多，移栽后，除新葉呈綠色，外葉發黃發僵，抗逆性差，易出現死葉、死苗。導致僵葉苗的原因是：土壤過硬、過量使用化肥、過量使用種肥、種和肥隔離不好燒苗、土壤干旱、發育不良等原因。控制措施：一是苗期以腐熟的有機肥為主，不用或少用尿素作底肥。二是保持土壤適當的溫度，濕度，且壯苗移栽。三是合理灌水、除草、防病滅蟲。四是及時噴施葉面肥。
   
　　黃綠苗  玉米苗葉片細窄，株形矮小，葉片出現黃綠相間的條紋，嚴重時葉片呈深褐色，最后焦枯死亡。癥狀從下部葉片開始，逐漸向上部葉片轉移。此類苗的危害是易導致玉米倒伏。控制措施：一是增施鉀肥。通常要根據土壤鉀素的盈虧情況，確定鉀肥施用量，如果沒鉀肥可補施草木灰。二是對嚴重缺鉀地塊，應在苗3葉期用磷酸二氫鉀、草木灰浸出液進行幼苗噴霧。