水稻的常規(guī)育種一般指的是系統(tǒng)選育和雜交育種。系統(tǒng)選育是在現(xiàn)有的品種群體肉，根據(jù)當(dāng)?shù)氐挠�種目標(biāo)，選擇某些性狀與群體有差別的優(yōu)良變異單株，經(jīng)過培育、比較、鑒定，從而獲得新的品種。在品種群體中產(chǎn)生性狀有變異的單株，一種可能是產(chǎn)生了遺傳突變，另－種可能是與其他品種自然串粉雜交，也可能是機械混雜。

　　雜交育種是根據(jù)育種目標(biāo)，將兩個或兩個以上遺傳性有差異的品種或材料進行人工去雄，使用溫湯去雄或是剪穎去雄法。然后進行人工雜交，在雜種后代中，一代一代地進行選擇培育，以育成新品種。用系統(tǒng)選育和雜交育種選育成的新品種，都是常規(guī)稻。

水稻的三系育種必須是求稻雄性不育系、水稻雄性保持系和水稻雄性恢復(fù)系三系的必備適育新品種方法。常規(guī)育種和三系育種是相輔相承的育種方法。選育保持系和恢復(fù)系，也要應(yīng)用系統(tǒng)選育和雜交育種法。如果選育出來的保持系和恢復(fù)系在當(dāng)?shù)乇憩F(xiàn)穩(wěn)產(chǎn)高產(chǎn)，它就可以成為一個品種在生產(chǎn)上推廣使用。例如曾獲得全國獎項的滇隴201和滇屯502、滇瑞408等。它們既是常規(guī)品種，可以自繁自種，同時也是三系育種中的保持系和恢復(fù)系。

所以，水稻常規(guī)育種和三系育種是一致的，是在利用作物不育性方面，使常規(guī)育種方法進一步發(fā)展和延伸。隨著三系育種的深入，在獲得優(yōu)良雜交組合的同時，隨著保持系和恢復(fù)系的創(chuàng)造和提高，也將獲得更多的優(yōu)良常規(guī)品種。

在三系選育品種的科研進程中，出現(xiàn)了兩系選育法，也就是不同保持系，只用不育系和恢復(fù)系。兩系法提出的基礎(chǔ)是發(fā)現(xiàn)了光敏不育系和濕敏不育系，有人預(yù)言兩系法將取代三系法育種。由于當(dāng)前人們還不能控制水稻生長的自然條件，在同一制種地，濕度和光照在每年的同一時間都有一定幅度的變化，用受濕度和光照影響的核不育材料制種，一旦濕度和光照發(fā)生變化，制出的種子純度會大受影響，因而也就會影響雜交稻的產(chǎn)量。適于兩系制種的地點條件要求很嚴，遠不如三系法廣泛。所以使用兩系法制種在云南僅限于水富縣。

還有人提出一系法，不用保持系和恢復(fù)系，其實就是常規(guī)制利，常規(guī)品種就沒有什么保持系和恢復(fù)系。