近幾年，玉米秸稈還田做為持續性生產措施，逐步得到普及并產生了很好的經濟效益，但由于部分農民對這一問題，產生負效應，具體表現在部分秸稈還田后的麥田出現出苗率低、苗黃、苗弱，甚至死
苗現象，不但不增產，反而減產，分析其原因主要有以下幾個方面。
　　一、碳氮比失調。秸稈本身碳氮比為65—85：1，而適宜微生物活動的碳氮比為25：1，秸稈還田后土壤中氮素不足，使得微生物與作物爭奪氮素，結果秸稈分解緩慢，麥苗因缺氮而黃化、苗弱，生長不良。　
　　二、秸稈粉碎不符合要求。有的地塊粉碎后的秸稈過長，其長度大于10厘米，不利于耕翻，影響播種。　
　　三、土壤大小孔隙比例不合理。秸稈還田后，使土壤變得過松、大孔隙過多，導致跑風，土壤與種子不能緊密接觸，影響種子發芽生長，使小麥扎根不牢，甚至出現吊根。那么，怎樣才能彌補以上缺陷，保證穩產、高產呢？　
　　補施氮、磷、鉀肥料。秸稈還田后，增施速效氮肥，可降低土壤中的碳氮比，從而利于微生物的活動，滿足幼苗生長對氮素的需要，秸稈分解加快，又可為小麥中后期生產提供各種養分。小麥對磷的營
養臨界期在三葉期，所以補磷可滿足幼苗對磷的需要，同時為果實發育提高千粒重打下基礎。鉀的作用利于糖的合成運輸，促進作物代謝。目前，高產土壤普遍存在著“缺磷、少氮、鉀不足＂的現象，按比例補施氮、磷、鉀肥料，可滿足小麥生長的需要，提高作物產量。其用量為每畝施碳銨15公斤，過磷酸鈣25公斤，硫酸鉀10公斤。
　　粉細深翻。秸稈粉碎長度宜小于10厘米，若采用普通型摟腿小麥播種機，播種時易壅土，影響播種質量，應采用與之配套的旋轉式（轉盤式）播種機，以提高播種質量。
　　四、適時鎮壓澆水。小麥播種后，晾曬一天，用石磙鎮壓，使土壤密實，消除大孔洞，大小孔隙比例合理，種子與土壤緊密接觸，利于發芽扎根，可避免小麥吊根現象。
　　五、消滅病原體。帶病的秸稈不能直接還田，否則夏季玉米易發生病害，這類秸稈應銷毀或高溫堆腐后再施用。