初花期開始棉花進入生育旺盛的時期，需肥多，吸氮多，強度大，從這時開始的吸氮量占到整個生育期吸氮量的60%，這時期需要的磷和鉀也占總量的一大半。高產棉花的施肥原則，在基肥的基礎上及時抓好追肥管理。近年來棉花高產栽培管理的發展趨勢，在實行系統化控的條件下，通過增加植棉密度實現高產的途徑，這種創高產的方法在新疆棉區尤其應用突出。另外，在長江流域和華北植棉地區，為了保證棉花與糧食作物總產的不斷提高，近年來出現了縮短棉花生育期大力發展夏播棉的趨勢。對于這兩種新的發展情況，在棉花追肥管理上，要有相應的新舉措。

過去種春播棉為主，強調追肥后移（主要指氮肥），目標爭取“三桃”，即要求棉株為帶桃入伏、伏桃滿腰、秋桃蓋頂為特征的高產株型，于是在追肥上提出了重施花鈴肥和補施蓋頂肥的施肥重心后移的原則。但是，現在的情況不同了，追肥時期要適當向前調。在縮節胺系統化控條件下，早施蕾、花肥，對春棉高產具有良好的作用，如及早增強根系活力等。所以說化控技術的運用為調整追肥時間提供了保證，在棉田封壟之前追肥，可以減少用工和棉株機械損傷，尤其是夏播棉或短季棉更必須強調提早在蕾期追肥，保證棉苗早發，減少晚熟的威脅。總之，在采用系統化控的前提下，棉花全程施肥以基肥為主，追肥適當早施的原則。近年來的棉花高產樣板田已經表明，在使用縮節胺調控的條件下，適當提早追肥有利于根系生長和防根系早衰。一般，夏播棉的追肥時期提前到蕾期（4~5葉）結合鋤地施用追肥是可行的。在初花期（已經掛上1~2個幼鈴）進行追肥也是可行的。

蕾期或初花期的追肥主要是追加適量氮肥（如10~15公斤/畝尿素），在缺鉀土壤、有效鉀含量水平較低（如沙性強的輕壤土）或在基肥中沒有施過鉀肥和有機肥的棉田中，還應追加5~6公斤氯化鉀，此時追鉀可達到促進棉齡增產的作用。尤其對于一些栽種抗蟲棉品種的地塊，鉀肥的用量要高于普通棉花品種的3成才可滿足高產的需要。

追肥的施用方法要采用肥土混合并及時灌水，不可表施尿素以免造成揮發損失或熏壞棉花葉。生產中往往將尿素撒在地表等下雨，既不覆土也不及時灌溉，這種施用方法不科學。

此外，對于高產與超高產棉田，在棉鈴后期如果出現生長勢頭減弱或自動封頂的情況，還應及時追加尿素5~8公斤，以防止棉株早衰爭取秋桃。

棉花追肥要因地制宜，以下針對我國不同產棉區的特征，提出追肥施用的原則與建議：

黃淮海棉區針對黃淮海棉區氮磷化肥用量普遍偏高，肥料增產效應下降，而有機肥施用不足，微量元素硼和鋅缺乏時有發生等問題，在高產棉花的追肥上要掌握在盛蕾至初花期追第一肥，花鈴期追第二肥的要領。在基肥與追肥的分配原則上，氮肥的20%～45%用在追肥；鉀肥基追肥（初花期）各半。對長勢較弱的棉田，結合施藥混噴0.5%～1.0%尿素和0.3%～0.5%磷酸二氫鉀溶液50～75公斤/次，每隔7～10天噴一次，連續噴施2～3次。

長江中下游地區棉花氮肥的35%~50%用作追肥；對長勢較弱的棉田，噴施0.5%~1.0%尿素和0.3%~0.5%磷酸二氫鉀溶液50~75公斤/次，每隔7~10天噴一次，連續噴施2~3次。

新疆棉區地膜棉的追肥施用方法，主要以水肥一體化調控為特色。