在棉花播種育苗和移栽過程中應正確施肥，確保苗全、苗齊、苗壯。

苗床基肥精而適量  棉花苗期植株體小，需要的養分不多，苗床基肥用量不宜過多，強調精而適量。有機肥要充分腐熟，并剔除雜草根莖。選用生物有機肥的，每10平方米苗床用量不超過5公斤，復合肥用量不超過1公斤。選用腐熟人糞尿的，提前20天施用，施肥后耕翻，與土混勻。不能用尿素作苗床基肥。

大田基肥深施、早施  目前不少棉田沒有耕翻預留棉行，準備工作滯后，準備移栽棉苗的田塊中滿幅油菜或小麥，施用基肥時間緊迫。當務之急，一是抓緊深翻預留棉行，在油菜、小麥收獲后搶施基肥，每畝施高含量復合肥30-40公斤。

棉苗追肥重在輕速  棉花苗期營養體小、根系幼嫩，追肥用量一次不能過大，否則會產生反滲透，使棉苗水分倒流，抑制生長發育。苗床上宜施腐熟烯糞水或稀尿素溶液，同時配施惠滿豐等活性液肥。大田移栽的棉苗待新葉展開后再施尿素，每畝用量不超過5公斤。