在苜蓿病害綜合防治體系中，農藥的應用十分有限，苜蓿病害的防治更加注重于“防”，更加依賴于農牧措施。包括整地、播種、田間管理、利用與收獲、儲藏的全過程。

1、利用抗病品種

抗病品種的利用是防治苜蓿及其他牧草病害的最有效和最主要的措施。美國培育的抗病性苜蓿如：皇后2000（Empress2000）、全能（Total+Z）、全明星（Alfastar）、盛世（Millennmium）、豐寶（Powerplant）、牧歌702（AmeriGraze 702）、巨人802（AmeriStand 802）、南霸天（Alfasuper）等。可以認為，這些品種對苜蓿的大多數病害有較強的抗性，所以，在引進苜蓿品種時，應注意選擇相應抗病性的品種。

2、牧草混播

不同種的牧草，特別是豆科與禾本科牧草混播，由于其可提高土壤肥力，增加牧草產量并改善群落結構的穩定性，是草地生產中的常用措施。研究表明：苜蓿與無芒雀麥混播，可顯著地降低苜蓿褐斑病與黑莖病的發病率；苜蓿與披堿草或粗穗披堿草混播，可明顯抵抗苜蓿褐斑病；多年生黑麥草與紅三葉混播，抵抗病害且增加產量等。

3、殺菌劑拌種

殺菌劑拌種是發達國家防治種傳和土傳病害，提高牧草種子發芽和田間出苗率的有效措施，在20世紀40年代以來，一直用于包括苜蓿在內的各種牧草及飼料作物。研究表明：我國11個省區，絕大多數苜蓿種樣帶菌率非常高，且10余種種子帶真菌可嚴重降低苜蓿種子的萌發和幼苗的生長。

4、合理施肥

施肥的作用：增強植物的抗病性，補償因病害引致的損失或提高土壤中有益微生物活動。研究表明：土壤中的硫含量低，是加重苜蓿根腐病的原因之一；增施鉀肥可降低苜蓿根病的發病率和鐮刀菌的侵入率；增施氮肥可增加苜蓿黑莖病的發病率，而土壤中的鈣可降低莖線蟲對牧畜的危害。

5、草地合理利用

草地合理利用減輕病害危害的原理是減少田間病原物數量及增強植物自身的活力。當苜蓿地上部分普遍發生葉斑病，如褐斑病、霜霉病、白粉病等病害時，應提早刈割或放牧，以減少田間侵染原的積累，降低再生牧草的發病率。但這一措施不適應根病，當苜蓿發生根病時，增加刈割的次數，便相應地增加病害的嚴重度與植株的死亡率。

6、焚燒殘茬
　
　　早期焚燒苜蓿殘茬，減輕病害的原理是減少生長季中初級侵染源，即病原物的數量。焚燒亦是消滅苜蓿田中菟絲子危害的有效措施。