霜霉病和葉霉病是菠菜上最常發的病害，濕度過大有利于這兩種病害發生。霜霉病一般先從下部葉片開始發病，發病初期產生淡綠色水漬狀小點，病斑邊緣不明顯，后期發展為黃色不規則病斑，濕度大時葉背產生灰白色霉層，逐漸變為深灰色。棚室內干旱時病葉逐漸變黃、干枯，空氣濕度大時發病葉片霉爛。葉霉病發病初期葉片出現淺黃色邊緣不明顯且不規則的病斑，后期顏色變深，濕度較大時葉背長出灰色至褐色霉層，病葉逐步卷曲枯死。

防治霜霉病和葉霉病，通風排濕是關鍵，特別是在澆水以后要拉大放風口，對快收獲的菠菜，晚上只要溫度不是太低就可以開放通風口過夜。發病較輕的田塊可以人工摘除病葉，防止病菌隨流水等傳播。藥劑防治霜霉病，可以在發病初期用75％百菌清可濕性粉劑500倍液噴霧，發病較重時用58％甲霜·錳鋅可濕性粉劑500倍液，或70％乙鋁·錳鋅可濕性粉劑500倍液，或69％烯酰·錳鋅可濕性粉劑800倍液噴霧。防治葉霉病，可以用10％多抗霉素可濕性粉劑750倍液等噴霧，交替用藥，每5～7天一次，連續防治2～3次。