水培使花卉擺脫了土壤病蟲害的侵害，但仍然會受到擺設環(huán)境病蟲害的侵害。空氣中的真菌、細菌、病毒仍可浸染水培花卉的莖葉，使其受到不同程度的病變。蚜蟲、介殼蟲可隨風飄至室內，降落到水培花卉上刺吸汁液。飛蛾在花卉上產卵，孵化成幼蟲，也會咀食花卉的嫩葉、莖尖。脫盆洗根改為水培的花卉，同樣會帶有真菌、細菌、病毒、蟲卵、幼蟲等，若不仔細檢查清除，會留下隱患。

水培花卉因其擺設環(huán)境的特殊性，一旦發(fā)生病蟲害，不宜使用化學農藥殺蟲，也不能用大劑量的殺菌劑滅菌。這些藥物雖能起到殺蟲滅菌的作用，但同時對環(huán)境也會造成污染。因此對水培花卉可能發(fā)生的病蟲害應以預防為主。

在選擇水培花卉時，盡可能挑選植株健壯、生長茂盛、無病蟲害的花卉。在養(yǎng)護過程中若發(fā)現(xiàn)蟲害，可采用人工捕捉，或用自來水沖洗清除。水培花卉發(fā)生浸染性病害是不多的，只有在少數(shù)葉片上有褐色病變，干癟壞死，或者有不規(guī)則形濕漬狀病變，是由真菌或細菌浸染形成，發(fā)現(xiàn)后應將整片病葉摘除燒毀，勿使其蔓延。發(fā)生脫節(jié)、爛根的水培花卉，可采用植株更新的方法處理，在莖節(jié)下端3厘米處截取上端尚完好的枝條，插在清水里，經(jīng)過一段時間的養(yǎng)護管理，又能長出新根成為獨立的植株。