芹菜的主要病害有葉斑病（早疫）、斑枯病（晚疫）、病毒病、根結線蟲病、菌核病等，害蟲主要有蚜蟲、美洲斑潛蠅等。預防技術如下。

  1．選用抗病品種 黃苗芹菜、玻璃脆芹菜、津南實芹等較抗病，可因地制宜選用。

  2．種子處理種子在48—49℃恒溫水中浸種30分鐘后，投入涼水冷卻，然后催芽播種，可預防斑枯病和葉斑病。

  3．土壤消毒 用50％多菌靈可濕性粉劑30千克/公頃拌細土300—600千克，均勻撒在畦內或蓋種處理，預防斑枯病等病害。發生線蟲病的地塊，可用10％丙線磷顆粒劑15—30千克／公頃拌細土撒施，深翻后播種。

  4．農業措施 播種前清除病殘體，深翻整地減少菌源，重病地實行2—3年輪作；培育壯苗，合理密植，合理澆水，避免大水漫灌，露地栽培雨后及時排水，控制田間濕度，減輕病害發生；保護地注意控制溫濕度，白天濕度控制在15—20℃，高于20℃要及時放風，夜間控制在10—15℃；發病初期摘除病葉及底部失去功能的老葉，帶出田外深埋；施足底肥，勿偏施氮肥，增施磷、鉀肥合理追施施葉面肥，增強芹菜抗病能力。