食藥用菌品同眾多的農產品一樣都有著各自的最佳成熟期，如采收過早或過晚都會直接影響其產品的品質和產量，因此，適時地科學采收食藥用菌品，對于提高其經濟效益起著至關重要的作用。
    一、黑木耳的科學采收 正常管理30天左右，耳片已充分展開，達到生理成熟，即可采收。采收時要將一個菌袋上的所有木耳一次性全部采下，采下的木耳將根部清理干凈后，可攤放于架起的沙網或草簾上晾曬干。第一茬采收后氣溫如還在20℃左右．可按第一次的管理方法管理，可望采收第二茬。
     二、靈芝的科學采收 當靈芝菌柄長出袋口，條件適宜時，便很快形成菌蓋。靈芝子實體生長初為白色，后變為黃色，經過2～3個月就為紫色、褐色或紅色。當菌蓋邊緣不再生長（邊緣無淡黃色圈）時，菌蓋下端子實層內長出棕紅色孢子時，子實體已成熟，即可采收。采收前，應注意收集子實體放出的孢子，以便生產孢子粉。采收時手捏菌柄，輕輕擰下．然后剪去菌柄下端帶有培養基的部分，及時烘干成曬干。
     三、猴頭菌的科學采收與加工 1采收。當猴頭子實體長滿刺毛，開始彈時孢子時，要及時采收，過遲會使子實體有苦味。采收的方法，用彎形利刀從柄基割下即可采割時，菌腳不宜留得過長，太長易于感染雜菌，而且也影響第二茬猴頭菌的生長但也不損傷菌料，一般留菌腳1厘米左右為宜 2．加工。采收的猴頭菌．可以鮮銷，也可曬干、烘干或鹽漬貯存（1）曬干將采收的鮮猴頭菌，切去菌蒂部分，排放于竹簾上，置烈日下暴曬．先將切面朝上曬一天后，再翻轉過來晾曬干。（2）烘干將采收的鮮猴頭菌，風干1～2天后，按大小分別烘烤，烘烤溫度應從40℃逐漸提高到60℃，直至烘干。干品含水量為10％～13％，并要求保持菌刺完整，冷卻后及時分裝于塑料袋密封保藏，（3）鹽漬將采收的新鮮猴頭菌，切去有苦味的菌柄，用清水漂洗，除去灰少，放入0．1％檸檬酸水中煮沸10分鐘，撈出再放入清水中冷卻，淋水后，加入25％（按猴頭重量）的精鹽，層層加鹽，儲于池中或包裝桶中，7天時倒池或桶一次，并加足飽和鹽水（即每50千克水加17．5 千克鹽，熬開后冷卻為飽和鹽水），并用1～2厘米厚的鹽粒封口。