在生產實踐中，單施一種肥料不能滿足作物生長的需要。因此根據作物需要和土壤供肥情況，把農家肥和不同的化肥按一定的比例摻和在一起混施，是科學施肥提高肥效的一條途徑。但農家肥和化肥種類很多，并非都能混施，混施適宜能事半功倍，混施相忌的，則事與愿違。

尿素與農家肥混施。二者混施可提高尿素的肥效。尿素一旦與土壤、農家肥料及其他有機物接觸，因受土壤脲酶的作用，迅速產生生化反應釋放出氨，尿素的分解產物速度與土壤肥力、農家肥的質量、氣溫、潮濕度有關。冬季在低肥力土壤上，尿素施后10天左右才能表現出肥效；夏秋季節，在高肥力土壤中只需3-5天就能表現出明顯的肥效。若在尿素中混入少量的餅肥或糞尿，則會使氮的轉化高峰大大提前。如果尿素與優質農家肥混合使用，還可延長肥效時間，除當季作物增產外，下茬作物也能增產。

磷肥與農家肥混合堆漚保氮促磷。農家肥在腐熟過程中，會產生大量的二氧化碳和腐植酸類物質，它們均有助于非水溶性磷肥的溶解，可以提高肥料的質量。如在每50公斤人糞尿中加入2.5公斤過磷酸鈣，攪拌均勻后存放5-7天，能使人糞尿中極易揮發的碳酸銨轉化成性質穩定的磷酸銨，從而防止了氮素的揮發流失，增加了人糞尿中磷元素。特別是難溶性的磷肥，如磷礦粉等在施用前最好與優質農家肥混合堆漚。此外，農家肥堆漚時，含氮物質氰化，在翻動時常會引起氮的揮發損失，如果添加過磷酸鈣，就可收到以磷保氮的效果。

各種廄肥、堆肥和漚肥與過磷酸鈣混漚使用，能減少過磷酸鈣與土壤的接觸面，避免磷酸根離子被土壤固定而提高磷的有效性。

氯化銨和堆漚肥混合。將農作物秸稈切成段，加入2%的氯化銨和少量的人畜糞尿堆漚，并在其上蓋土，腐熟后即成為高效生物鉀肥。施用后可使農作物長得更壯、抗倒伏，抗異性能更強。此外，碳酸氫銨加入堆漚肥中，如將作物秸稈、葉片切成碎段，加入0.5%-1%的碳酸氫銨和適量人畜糞尿，最后用泥漿密封，腐熟后就成了含鉀較高的復合型肥料。這種肥料養分齊全，能滿足作物對多種養分的需要。