由于重茬種植，根結線蟲等土傳病害已成影響棚室蔬菜生產較為突出的問題，在大棚空閑期進行土壤消毒非常重要。目前主要有以下幾種土壤消毒劑。

溴甲烷　使用前清除殘存秸稈及根系，深翻土壤至少30厘米，施好底肥，打碎大土塊，保證土壤20厘米深處溫度至少在8℃以上，溫度越高，熏蒸作用越強。處理時搭小拱棚，棚膜要蓋嚴。一般每畝用藥40公斤，每13平方米放1罐藥，藥罐下墊一小塊塑料布，施藥時將藥罐卡于開罐器上，隔著覆蓋的棚膜，用力向下壓罐，使開罐器的尖刃刺破罐，溴甲烷呈液態瀉出于下墊的塑料布上，幾分鐘后氣化。使用溴甲烷一定要謹慎，通風期間嚴禁農事操作，熏蒸期要達到15天左右，揭開薄膜通風30天以上才可種植。由于溴甲烷對病菌、雜草、線蟲、昆蟲和螨類等均有效，并且使用溴甲烷對黃瓜、番茄有明顯的增產效果，目前使用較為廣泛。

氰氨化鈣　一般先將土雜糞撒入棚中，用旋耕機旋耕后將氰氨化鈣均勻撒施在棚地上，然后再用旋耕機打勻，覆蓋地膜，20~25天后揭膜。

棉隆　一種低毒的土壤消毒劑，相對于氰氨化鈣和溴甲烷來說更安全。棉隆在潮濕的土壤中會產生異硫氰酸甲酯氣體，迅速擴散至土壤顆粒間，有效殺滅土壤中各種線蟲、病菌、地下害蟲及雜草種子，從而達到清潔土壤、疏松活化土壤的效果。使用方法：土壤施好底肥后深翻（約30厘米）整平，澆水保濕3~4天，待土壤濕度在40%~60%時（土手捏能成團，1米高掉地后能散開），用旋耕機旋耕。然后將棉隆均勻撒在地表，每畝用藥20~30公斤，施藥后立即用塑料布覆蓋。棉隆分解產生的氣體比空氣輕，要確保塑料布沒有破損，不能用地膜等太薄的塑料布，且四邊用土壓實，密封好。密封期保證在12天以上，結束后揭去塑料布，通風1星期后取土做發芽試驗，確保安全后才可進行育苗。

需要注意的是，土壤經過處理后也殺滅了有益菌，應及時補施生物菌肥，以保證土壤中有足夠的有益菌存在。用消毒劑熏蒸過的棚室，在施用菌肥前應先敞棚透氣10天以上。