種地要施肥，施肥能增產是個普通的道理，但是也不能一味增加施肥量或單純依賴化學肥料。

合理施肥能夠使植株生長健壯，發育正常，也就意味著植物的遺傳潛能，包括抗病性得以正常表達。所以，一切有利于植物正常生長的栽培管理措施，包括施肥，都有助于防病。健身栽培也就成了防治多種病害的根本措施。

眾所周知，嚴重缺肥或施肥過量都會導致生理病害，稱做缺素癥或肥害。多數情況下，不適當的施肥可能沒有造成明顯的不正常，但可能降低植物的抗病性。稻瘟病、紋枯病、小麥白粉病、煙草赤星病等通常被稱為高肥病害，這里，“高肥”實際上指的是氮素肥料。氮肥施用過多、過遲或過分集中，常引起稻株瘋長，葉片軟弱下披，體內氨態氮和游離氨基酸含量過高，碳氮比值降低，最終削弱了水稻的抗病性。氮肥過多還會造成植株郁閉、結露時間長，為真菌病害提供適宜侵染的環境條件；相反，水稻胡麻斑病、蘋果樹腐爛病、小麥根腐病、茄科植物早疫病、青枯病，以及大多數植物幼苗上經常發生的猝倒病，則常在缺肥的田塊發生嚴重。1943年印度孟加拉邦的水稻胡麻斑病大流行，導致著名的孟加拉大饑荒，干旱和缺肥是重要原因。

在一般情況下，增施磷、鉀肥可以改善植物體內營養的平衡和促進作物成熟，從而避開侵染幼嫩組織的病菌，增強抗（耐）病性。特別是針對局部侵染植物根、莖和葉片組織的真菌病害，如小麥稈銹病、大麥全蝕病、馬鈴薯瘡痂病、番茄早疫病、玉米莖腐病等。但磷過量可能加重菠菜病毒病和小麥穎枯病，鉀過量可能加重稻瘟病和根結線蟲病的危害。

在一些地區，由于長期過分地依賴化學肥料，一些農田的有機質含量明顯下降，加上大量使用化學藥劑，土壤微生物種貧乏，抑制土傳病害的能力下降，這是近年許多作物的枯萎病、紋枯病、根腐病、線蟲病上升的主要原因。使用腐熟有機肥和菌肥無疑會增加土壤微生物種類和數量，是減輕或抑制土傳病害的治本措施。當然，也要強調有機肥的腐熟，否則施肥也能傳播病蟲和草籽。