獲得國家產品質量免檢和中國名牌的食品生產企業也要申請《食品生產許可證》。《加強食品質量安全監督管理工作實施意見》規定，國家對食品的生產加工實行食品質量安全市場準入制度。從事《食品質量安全監督管理重點產品目錄》中的食品生產加工企業，必須具有保證食品質量安全的基本條件，按規定程序獲得《食品生產許可證》，生產加工的食品必須經檢驗合格并加蓋印（貼）食品市場準入標志后，方可出廠銷售。而《產品免于質量監督檢查管理辦法》和《中國名牌產品管理辦法》中均將取得國家規定的生產許可證做為國家免檢產品和中國名牌產品的一個前提條件。因此，《加強食品質量安全監督管理工作實施意見》頒布后，已經獲得國家免檢產品和中國名牌產品資格的企業，也必須在規定的時間內取得《食品生產許可證》，否則，將被取消國家免檢產品和中國名牌產品資格；沒有取得《食品生產許可證》的企業，其產品不得申報國家免檢和中國名牌。