體外培養細胞缺乏抗感染能力，所以防止污染是決定培養成功或失敗的首要條件。即便使用設備完善的實驗室。若實驗者粗心大意，技術操作不規范,也會導致污染。因而．為在一切操作中為最大可能的保證無菌．每一項工作都必須做到有條不紊和完全靠。
【培養前準備】在開始實驗前要制定好實驗計劃和操作程序。有關數據的計算要事先做好。根據實驗要求，準備各種所需器材和物品、清點無誤后將其放置操作場所(培養室、超凈臺)內，然后開始消毒。這可以避免開始實驗后．囚物品不全往返拿取而增加污染機會。
【操作野消毒】無菌培養室每天都要用0.2%的新潔爾滅拖洗地面—次(拖布要專用)．紫外線照射消毒30-50min，超凈工作臺臺面每次實驗前要用75％酒精擦洗。然后紫外線淌毒30min。在工作臺面消毒時切勿將培養細胞和培養用液同時照射紫外線，消毒時工作臺面上用品不要過多或重疊放置．否則會遮擋射線降低消毒效果。—些操作用具如移液器、廢液缸、污物盒、試管架等用75%酒精擦洗后置于臺內同時紫外線消毒。
【洗手和著裝】原則上和外科手術相同。平時僅做觀察不做培養操作時，可穿裝細胞培養室內紫外線照射30min的清潔工作服。在利用超凈臺工作時，因整個前臂要伸入箱內，應著長袖的清潔工作服，并于開始操作前要用75％酒精消毒手。如果實驗過程中手觸及可能污染的物品和出入培養室都要重新用消毒液洗手。進入原代培養室需徹底洗手還要戴口罩、著消毒衣帽。
【火焰消毒】 在無菌環境進行培養或做其它無菌工作時，首先要點燃酒精燈或煤氣燈。以后一切操作，如按裝吸管帽、打開或封閉瓶口等，都需在火焰近處并經過燒灼進行。但要注意：金屬器械不能在為焰中燒的時間過長，以防退火，燒過的金屬鑷要待冷卻后才能挾取組織，以免造成組織損傷。吸取過營養液后的吸管不能再用火焰燒灼，因殘留在吸管頭中營養液能燒焦形成炭膜，再用時會把有害物帶入營養液中。開啟、關閉長有細胞的培養瓶時，火焰滅菌時間要短。防止因溫度過高燒死細胞。另外膠塞過火焰時也不能時間長，以免燒焦產生有毒氣體，危害培養細胞。
【操作】 進行培養時，動作要準確敏捷，但又不必太快，以防空氣流動，增加污染機會。不能用手觸及已消毒器皿，如已接觸，要用火焰燒灼消毒或取備品更換。為拿取方便，工作臺面上的用品要有合理的布局，原則上應是右手使用的東西放置在右側，左手用品在左側，酒精燈置于中央。工作由始至終要保持一定順序性，組織或細胞在未做處理之前，勿過早暴露在空氣中。同樣，培養液在未用前，不要過早開瓶；用過之后如不再重復使用，應立即封閉瓶口直立可增加落菌機會。吸取營養液、PBS、細胞懸液及其它各種用液時，均應分別使用吸管，不能混用，以防擴大污染或導致細胞交叉污染。工作中不能面向操作野講話或咳嗽，以免唾沫把細菌或支原體帶入工作臺面發生污染。操作前用酒精擦拭超凈臺面及雙手。手或相對較臟的物品不能經過開放的瓶口上方，瓶口最易污染，加液時如吸管尖碰到瓶口，則應將吸管丟掉。