繁殖用原種小鼠必須遺傳背景明確,來源清楚、有完整的譜系資料,包括品系名稱、近交代數、遺傳基因特點及主要生物學特征等。引種小鼠應來自近交系的基礎群， 以2～5對同窩個體為宜。
小鼠近交系一旦育成，應按保種的有關規定，維持其特定的生物學特征的穩定，保持其基因性同一和基因純合性。近交系小鼠的維持和生產包括4個群。生產過程一般是從基礎群移出種子，經擴大群擴增后，建立生產群，由生產群繁殖仔鼠進入供應群。
（1）基礎群：嚴格采用全同胞兄妹交配，用基礎平行線系統保持品系的種源，為擴大群提供種鼠。在繁殖過程中一般保持2～4個平行譜系分支,在4～7代時進行一次修飾。每個譜系分支上，保留7～12個繁殖對，留種的同胞兄妹保持相應的數量及與原品系相同的特性。應保證小鼠不超過5～7代能追溯到一對共同祖先。
（2）血緣擴大群：種鼠來源于基礎群，采用全同胞兄妹交配繁殖。用來擴大群體個體數量，為生產群提供種鼠。血緣擴大群應設個體繁殖記錄卡，本群小鼠不應超過5～7代而能追溯到其在基礎群的一對共同祖先。
（3）生產群：隨機交配，用于生產供實驗用的小鼠，經4 個世代繁殖后即可淘汰。生產群種小鼠來自基礎群或血緣擴大群。為了便于控制隨機交配不超過4個世代,可采用掛指示牌的方法：從擴大群來的種鼠F0代掛白牌，F1代掛藍牌，F2代掛黃牌，F3代掛紅牌。紅牌表示已繁殖到第三世代，需更換種鼠，從擴大群取來種鼠，繼續生產。
（4）供應群：來源于上述生產群中每個世代繁殖的仔鼠，育成后供實驗用。
為保證上述4個種群連續性，應做好配種計劃。
注意在生產中從基礎群到生產群必須控制在15代以內，即生產群的小鼠上溯15代可在基礎群找到共同祖先。各群之間不能有小鼠逆向流動。當小鼠出現斷代時，可從血緣擴大群中選譜系記錄清楚的小鼠重新建立基礎群。
同時應注意某一品系小鼠混入其它小鼠時應立即淘汰,逃出鼠盒的小鼠應立即淘汰。經過某些技術處理如人工代乳、卵巢移植等的小鼠可能形成亞系或亞群，而 
應與原種群混雜。