座位不同的二個或者二個以上的基因，具有表現相同性狀作用時稱為同效基因（H．Nilsson-Ehle，1909）。各基因之間的作用有互補和累加二種，如把車前草的具斑紋的系統與正常的綠色系統雜交，F₂綠色對斑紋之比為15∶1。這里假定有不連鎖的二對等位基因，只要帶有其中一個顯性基因這個個體就成為綠色，也就是說二對等位基因中各自的顯性基因，作用上是相互等同的，都能顯示充分的顯性效應，或是當一對基因中有顯性基因而第二對基因中全是隱性基因時，照舊可顯示其顯性作用，這樣就可說明出現15∶1分離的原因。這時，在表現程度上與顯性基因的數目多少沒有關系，但小麥的籽粒顏色的遺傳則與三對同效基因有關，然而由于各別的顯性基因的作用可以等價地累加，因此在F₂中顏色的深淺可以分離成6個等級。即使在具有同樣數量的顯性基因的等級之中，由于環境不同也有差異，所以事實上就表現為連續的變異。這一連續性隨著同效基因對數目的增加而變得更為顯著。對數目很多的同效基因則稱為同效多基因。多基因也被看作為數目很多的同效基因。同效基因有n對時，在F₂中產生的純合隱性性狀的個體的分離比是（1／2）^2m（例如同效基因是三對時分離比是1／64，是4對時則為1／256）。如果使分離的各等級的后代進行自體繁殖，就可以識別這些等級是同效基因還是環境變異所造成。當有關的同效基因數目不多時，根據F₂的各等級的分離比能推斷出有關同效基因的數目。