測試糖是否被包含在從活細(xì)胞內(nèi)取出的蛋白質(zhì)中, 過去一直使用苯酚-硫酸顏色分析法, 但是它的低敏感對現(xiàn)在的生物化學(xué)研究而言是不合適的. 現(xiàn)在正在使用的是免疫顏色法(면역착색법), 通過切割羥基鄰接的糖得到高活性的醛, 或著使用維生素H-straptavidine(스트랩타비딘) 形成的配合物和磷酸酯酶的方法.

為分析糖蛋白類型中糖聚合物的結(jié)構(gòu)必須被首先分離糖和蛋白質(zhì), 這需要化學(xué)方法和酶方法. 在化學(xué)方法中, 可以通過使用肼迅速分開O-或N-連接的糖并控制條件僅分離O-連接的的糖. 然而, 當(dāng)肼被用于反應(yīng)時, N- 乙酰基在反應(yīng)中被切割掉于是需要額外的乙酰化步驟. 如果在一些胺的第一個位置沒有胺上的乙酰基那就沒有辦法分離. 因為肽結(jié)構(gòu)在肼反應(yīng)條件下被分解, 還有蛋白質(zhì)分析的問題.

在酶方法中, 用肽N-糖苷酶F(PNGase F)分離N-連接的糖是可能的而且有用的. 可是, 能與O-連接的糖廣泛反應(yīng)的酶還未被發(fā)現(xiàn). 當(dāng)糖被分離的時候, 為便于分析, 通常還原末端被螢光或放射性分子標(biāo)記. 在元素分析之前, 首先用硅膠色譜測體積, 用陰離子交換樹脂測離子數(shù). 然后, 用HCl或TFA等酸做糖水解以得到單糖, 然后以GC或HPLC給出相對量. 這個過程與分析蛋白質(zhì)時的氨基酸分析類似.

剩下的工作是決定糖的整個結(jié)構(gòu), 包括單糖的種類, 序列, 與羥基連接的位置, 異構(gòu)體的三維結(jié)構(gòu), 側(cè)鏈的結(jié)構(gòu), 單糖的光學(xué)結(jié)構(gòu), 以及化學(xué)分析如磷酸化作用, 硫酸化作用和甲酸化作用等. 還沒有能夠獲得所有數(shù)據(jù)的簡單過程, 于是就采用了NMR, 質(zhì)譜, 酶分析等方法, 但是仍然耗費(fèi)了大量時間和精力. 自動化RAAM(試劑排列分析方法)混合了幾種酶, 能選擇性分離一些試劑, 并通過與現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫比較得出糖結(jié)構(gòu). 然而, 由于可得到的酶的限制, 這種方法僅對已知基本結(jié)構(gòu)的N-連接的糖有效, 不能用于O-連接的糖或者全新結(jié)構(gòu). 這個領(lǐng)域仍然迫切需要劃時代的解決辦法.