瓊脂糖凝膠電泳可用于分離、鑒定和提純DNA片段。本法操作簡單、迅速，能分辨其它方法不能分開的DNA片段混合物，分開的DNA可用低濃度的螢光染料（0.5μg/ml溴化乙錠）染色，在紫外燈下直接觀察檢測少至1ng的DNA。
DNA通過瓊脂糖凝膠的遷移率取決于以下參數：
①DNA分子的大小
線狀雙鏈DNA分子通過凝膠的速率與其分子量的常用對數成反比。據此用已知分子量的標準物質和待測分子量的DNA片段同時電泳，比較其電泳速率，即可求出待測片段的分子大小。
②瓊脂糖濃度：
給定大小的DNA片段，以不同速度通過不同濃度的瓊脂糖凝膠。因此利用不同濃度的凝膠，可分辨范圍廣泛，大小不同的DNA片段。
③DNA構型
相同分子量的閉環（Ⅰ型），開環（Ⅱ型）和線狀（Ⅲ型）DNA，以不同速率通過凝膠，一般情況下，遷移率Ⅰ型>Ⅲ型>Ⅱ型。
④應用的電壓
在低電壓時，線狀DNA片段的遷移率與所用電壓成正比。但是電壓增高時，大分子量DNA片段遷移率的增大是不同的，因此瓊脂糖凝膠的有效分離范圍隨電壓增大而減小。為了獲得DNA片段的最大分辨力，凝膠電泳時電壓不應超過5V/cm。