不對稱PCR(asymmetric PCR)是用不等量的一對引物，PCR擴增后產(chǎn)生大量的單鏈DNA(SSDNA).這對引物分別稱為非限制引物與限制性引物，其比例一般為50～100∶1.在PCR反應的最初10～15個循環(huán)中，其擴增產(chǎn)物主要是雙鏈DNA，但當限制性引物(低濃度引物)消耗完后，非限制性引物(高濃度引物)引導的PCR就會產(chǎn)生大量的單鏈DNA.不對稱PCR的關鍵是控制限制性引物的絕對量，需多次摸索優(yōu)化兩條引物的比例.還有一種方法是先用等濃度的引物PCR擴增，制備雙鍵DNA，(dsDNA)，然后以此dsDNA為模板，再以其中的一條引物進行第二次PCR，制備ssDNA.不對稱PCR制備的ssDNA，主要用于核酸序列測定.

不對稱PCR（Asymmetric PCR）的基本原理是采用不等量的一對引物產(chǎn)生大量的單鏈DNA（ss-DNA）。這兩種引物分別稱為限制性引物與非限制性引物；其最佳比例一般為1：50～1：100，關鍵是限制引物的絕對量。限制性引物太多太少，均不利于制備ss-DNA。也可用普通PCR制備靶DNA雙鏈DNA（ds-DNA），再以ds-DNA為模板，只用其中一種過量引物進行單引物PCR制備ss-DNA。
　　產(chǎn)生的ds-DNA與ss-DNA由于分子量不同可以在電泳中分開，而得到純ss-DNA。
　　不對稱PCR主要為測序制備ss-DNA，尤為用cD－NA經(jīng)不對稱PCR進行DNA序列分析是研究真核DNA外顯子的好方法。