“噪音”（noise）是固相膜雜交方法常遇到的問題，指標記DNA結合到空白膜上的放射性計數，即本底。這個問題的克服一是使用高純度的核酸制品和充分嚴格的雜交條件：二是選擇合適的雜交反應液和對膜進行處理。研究發現，隨著離子強度的增加，空白膜（未固定DNA對照膜）上的“噪音”水平增加，而在50%甲酚胺6×SSC的雜交反應液中充分封閉膜上的多余非特異結合位點。