重組DNA技術(shù)的建立與分子雜交相結(jié)合，從分子水平研究基因定位，發(fā)展了一系列有效方法。例如原位雜交（in situ hybridization）就是分子雜交技術(shù)在基因定位中的應(yīng)用，也是一種直接進(jìn)行基因定位的方法。分子雜交的基本原理是堿基的互補(bǔ)配對(duì)，同源的DNA-DNA雙鏈或DNA-RNA鏈在一定條件下能結(jié)合成雙鏈，用放射性或非放射性物質(zhì)標(biāo)記的DNA或RNA分子作為探針，可探測(cè)到細(xì)胞基因組中的同源部分。原位雜交的特點(diǎn)是雜交在顯微鏡載玻片上中期染色體標(biāo)本上進(jìn)行。所謂原位即指標(biāo)本上DNA原位變性，在利用放射性或非放射性標(biāo)記的已知核酸探針雜交后，通過放射自顯影或非放射性檢測(cè)體系來檢測(cè)染色體上特異DNA或RNA順序，可用放射性顆粒在某條染色體的區(qū)帶出現(xiàn)的最高頻率或熒光的強(qiáng)弱來確定探針的位置，從而進(jìn)行準(zhǔn)確的基因定位。
　　放射性同位素標(biāo)記核酸探針與染色體顯帶結(jié)合進(jìn)行原位雜交仍有不少缺點(diǎn)和局限性。例如需要使用放射性同位素的特殊實(shí)驗(yàn)室，自顯影曝光時(shí)間長(zhǎng)，同位素標(biāo)記的探針不易保存，放射污染不利健康，特別是高質(zhì)量的中期染色體標(biāo)本在細(xì)胞培養(yǎng)基礎(chǔ)上難以得到，觀察費(fèi)時(shí)，對(duì)間期核的研究難以進(jìn)行等。熒光原位雜交（florescence in-situ hybridization,FISH）是一種非放射性原位雜交方法。用特殊熒光素標(biāo)記核酸（DNA）探針，可在染色體、細(xì)胞和組織切片標(biāo)本上進(jìn)行DNA雜交，對(duì)檢測(cè)細(xì)胞內(nèi)DNA或RNA的特定序列存在與否最為有效。探針不是放射性的而是將熒光染料與抗體蛋白結(jié)合進(jìn)行檢測(cè)。它們具有高度親和力，有與放射性探針相同或更高的分辯率。現(xiàn)已可用不同的熒光染料同時(shí)進(jìn)行多重原位雜交，顯示出不同的熒光色澤。這種多色FISH技術(shù)近年來發(fā)展迅速，已成為基因定位作圖和醫(yī)學(xué)診斷的重要手段。