mRNA差別顯示技術也稱為差示反轉錄PCR（Differential Display of reverse Transcriptional PCR）簡稱為ddRT-PCR。它是將mRNA反轉錄技術與PCR技術二者相互結合發展起來的一種RNA指紋圖譜技術。目前已廣泛應用于分離鑒定組織特異性表達的基因。差別基因表達（differential gene express）是細胞分化的基礎。mRNA差別顯示技術正是對組織特異性表達的基因進行分離的一種快速而行之有效的方法。該方法的基本原理是首先選取不同的組織樣品或不同發育階段的同一組織樣品或同一組織樣品經不同藥物處理誘導的樣品，經總RNA提取后，進行mRNA反轉錄合成cDNA。此cDNA的合成是采用Oligo（dT）12 MN為引物，其中M為A，C，G中的任意一種，N為A，C，G或T中的任意一種，所以共有12種oligo（dT）12 MN引物，其中M稱為錨定堿基，起增大引物Tm值的作用，N稱為分類堿基，對反轉錄進行分類。用這12種引物分別對同一總RNA樣品進行cDNA合成，即進行12次不同的反轉錄反應，從而使反轉錄的cDNA具有12種類型，也就是對cDNA進行12種歸類（目前較為流行的方法是進行4種歸類，即M為簡并堿基的形式存在），在此基礎上對每一類cDNA進行隨機引物和反轉錄引物PCR擴增，通過對組織樣品的同一類cDNA的PCR選擇性擴增產物凝膠電泳分析，從而反映出不同樣品間基因的時間和空間上組織特異性的表達。如此眾多種類的mRNA反轉錄產物經PCR選擇擴增后其類型依然為數眾多，很難用電泳系統加以快速準確地分離。因而需要對反轉錄產物cDNA進行歸類處理，減輕不同PCR產物電泳分離的難度，提高分離的準確率。