分子印章技術與打印原位合成在合成原理上相同，區別僅在于該技術利用預先制作的印章將特定的合成試劑以印章印刷的方式分配到支持物的特定區域。后續反應步驟類似與壓電打印原位合成技術。分子印章類似于傳統的印章，其表面依照陣列合成的要求制作成凹凸不平的平面，依此將不同的核酸或多肽合成試劑按印到芯片片基特定位點進而進行合成反應。選擇適當的合成順序、設計凹凸位點不同的印章即可在支持物上原位合成出位置和序列預定的寡核苷酸或寡肽陣列。從這一點上講，分子印章原位合成技術與壓電打印原位合成技術更為相似。分子印章除了可用于原位合成外還可以點樣方式制作微點陣芯片。例如已有人將分子印章技術用于蛋白微點陣芯片的制作。 以上三種原位合成技術所依據的固相合成原理相似，只是在合成前體試劑定位方面采取了不同的解決辦法，并由此導致了許多細節上的差異。但，三種方法合成時都必需解決的問題是必需確保不同聚合反應之間的精確定位，這一點對合成高密度寡核苷酸或多肽陣列尤為重要。同時，由于原位合成每步合成產率的局限較長(>50nt)的寡核苷酸或寡肽序列很難用這種方法合成。但是，由于原位合成的短核酸探針陣列具有密度高、雜交速度快、效率高等優點，而且雜交效率受錯配堿基的影響很明顯，所以原位合成的DNA微點陣適合于進行突變檢測、多態性分析、表達譜檢測、雜交測序等需要大量探針和高的雜交嚴謹性的實驗。