從一個(gè)受精卵發(fā)育為成體動(dòng)物，受一系列基因調(diào)控的結(jié)果。這些基因在發(fā)育過程中，按照時(shí)間、空間順序啟動(dòng)或關(guān)閉，對(duì)胚胎細(xì)胞的生長(zhǎng)與分化進(jìn)行調(diào)節(jié)。胚胎中一些發(fā)育事件在時(shí)間上受到精確的調(diào)控。有些基因在細(xì)胞分化的時(shí)間體調(diào)控中起決定作用，這類基因叫時(shí)間基因（chronogene）。受精卵經(jīng)過卵裂形成胚盤（blastoderm），此后胚盤細(xì)胞便定向地向不同成體結(jié)構(gòu)方向發(fā)展。果蠅在胚胎發(fā)育中，到胚胎晚期發(fā)育出體節(jié)，發(fā)育成幼蟲，幼蟲的體節(jié)發(fā)育為成蟲體節(jié)，在體節(jié)分化過程中，體現(xiàn)出基因在空間上的調(diào)控。
細(xì)胞中的基因并不都與細(xì)胞分化有關(guān)，按照基因和細(xì)胞分化的關(guān)系，把基因分為兩類。一類是奢侈基因(luxury gene)，與各種分化細(xì)胞的特殊性狀有直接關(guān)系；另一類是管家基因(house keeping gene)，是維護(hù)細(xì)胞最低限度功能所不可缺少的基因。細(xì)胞分化主要是奢侈基因中某種或某些特定基因選擇性表達(dá)的結(jié)果，導(dǎo)致產(chǎn)生一種類型的分化細(xì)胞。動(dòng)物胚胎發(fā)育過程中的細(xì)胞分化，是由于基因各自表達(dá)的結(jié)果。每個(gè)受精卵都是全能的，即包含有整套的遺傳信息。基因表達(dá)是通過轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后過程完成的。轉(zhuǎn)錄后主要包括hnRNA加工或mRNA和mRNA翻譯成蛋白質(zhì)的過程。轉(zhuǎn)錄水平起主導(dǎo)作用。