分子伴侶一定不是最終組裝完成的結(jié)構(gòu)的組成部分, 但不一定就是一個(gè)獨(dú)立的實(shí)體。如一些蛋白水解酶的前序列以及一些核糖核蛋白體的加工前的部分對(duì)于這些酶的折疊和成熟是必需的, 將它們稱為分子內(nèi)伴侶。

這些位于信號(hào)肽和成熟蛋白之間的前序列, 不僅抑制酶原蛋白的活性, 還作為分子伴侶幫助酶原蛋白折疊。去除前序列, 剩余部分便會(huì)形成穩(wěn)定的中間物, 既不沉淀, 也不折疊;加入前序列,才能折疊成活性構(gòu)象。與一般的分子伴侶相比, 分子內(nèi)伴侶具有高度的專一性, 通過(guò)水解作用釋放, 不需要ATP。